机构设置
中法工程师学院上设管理委员会，掌握学院的决策权；一个由中方法方人员构成的领导机构，负责学院的具体工作的执行；一个法国的项目指导组，主要负责教学计划安排、课程设计。
中法工程师学院是北航下属一个正式的 院系，有着和公立大学一样的机构，但同时学院的组织结构中也有法国元素。其中的管理委员会由法方和中方共同组成，双方人数一致，绝大部分委员来自学院外部的教育界和企业界。
中方法方人员构成的领导机构向管理委会汇报工作，并实施管委会的决议。学院的领导团队在北京工作，包括一名中方院长，和一名法方院长。还有一名中方副院长和一名法方副院长借助院长工作。
项目指导组在法国，由中央理工大学人员组成，在这个项目中代表着中央理工大学集团。团队的主要工作是远程指导学院教学工作，制定协作策略，确定教学计划和科研项目。
除此以外，学院还成立了一个由中法工程师学院的合作伙伴组成的顾问委员会。委员会的主要任务是通过在教学方向和策略上为管理委员会提出建议。另外，学院计划在不久的将来成立再一个教学委员会和一个科研委员会。
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